一篇9分的miRNA芯片文章详细解读 | 文章解读
标题：MiRNA-93 inhibits GLUT4 and is overexpressed in adipose tissue of polycystic ovary syndrome patients and women with insulin resistance
期刊：Diabetes（IF=8.684）
研究方向：内分泌，多囊卵巢综合征（PCOS）以及多囊卵巢综合征+胰岛素抵抗（PCOS+IR）
研究手段：miRNA芯片、qPCR、Western Blot、细胞系模型、miRNA过表达载体转染细胞、miRNA inhibitor、3'UTR+miRNA共表达载体（含荧光素酶报告基因）、生信预测miRNA靶基因
芯片实验：11名普通人（Control）、9名胰岛素抵抗（Control+IR）、11名多囊卵巢综合征（PCOS）、10名多囊卵巢综合征且胰岛素抵抗（PCOS+IR）。总计41张芯片。
结论：通过miRNA芯片得出miR-93在IR中表达量显著高于非IR，靶基因预测结果得出miR-93与GLUT4的3' UTR相结合，后期细胞实验证实miR-93过表达显著降低GLUT4的mRNA表达量和蛋白表达量，荧光素报告实验证实miR-93能够和GLUT4的3’ UTR相结合。
1.研究内容
由于先前的研究已经得知GLUT4基因参与IR相关通路。所以作者首先在病人提取的脂肪细胞中通过qPCR和WB等手段得知，GLUT4的mRNA和蛋白表达量在PCOS中显著低于Control，而PCOS中，IR的表达量又显著低于non-IR。接下来作者在脂肪组织样本中进一步证明了细胞模型中的结果。最后得出结论，GLUT4在PCOS+IR表达量最低且显著低于PCOS non-IR。
点评：这篇文章的亮点和可取之处在于，作者并没有进行转录组测序或表达谱芯片实验，而是直接根据已发表的研究结果或课题组先前的研究经验直接得知。
通过芯片的结果进行差异分析，得到了候选的差异表达显著的miRNA。接下来对这些差异表达的miRNA使用三款软件进行靶基因预测（分别是targetscan、miranda、PicTar），取交集后发现miR-93能够与GLUT4基因的3’ UTR相结合。由于mRNA属于保守性很强的非编码RNA，不同物种之间的序列同源性很强。选取人、小鼠、大鼠等物种的miR-93与GLUT4做靶基因预测，都能与其3’ UTR相结合。
接下来，作者在组织样本中验证miR-93的表达情况是否和芯片结果相符。qPCR证实，miR-93的表达量在PCOS和PCOS+IR中都显著上升，且miR-93在PCOS+IR的表达量显著大于PCOS non-IR。
为了验证miR-93是否能够真正抑制GLUT4的表达。作者使用miR-93过表达载体去侵染脂肪细胞，使用空载体（empty vector）作为空白对照。结果表明脂肪细胞接受miR-93过表达质粒载体侵染后，GLUT4的mRNA表达量和蛋白表达量显著降低，而miR-93表达量则显著上升。通过荧光蛋白标记的GLUT4（红色），我们可以发现miR-93转染的脂肪细胞系和空白载体对照的脂肪细胞系中GLUT4的表达量明显不同，如下图所示：
最后，作者分别使用人源miR-93 50 29697 50 14939 0 0 1626 0 0:00:18 0:00:09 0:00:09 2761 50 29697 50 14939 0 0 1567 0 0:00:18 0:00:09 0:00:09 3140过表达载体和小鼠miR-93过表达载体分别侵染3T3-L1脂肪细胞，发现miR-93表达量显著上升，GLUT4的mRNA表达量显著下降。另外GLUT4 3’ UTR和miR-93共表达载体（带有荧光素酶报告基因）表明，miR-93确实能够与GLUT4的3’ UTR相结合，如下图所示：
2.研究亮点
本研究亮点在于多种疾病，即PCOS+IR中miR-93参与通路调控，并通过几组对照实验双向证明。所以我们来梳理下作者这篇9分芯片论文的思路，即通过先前研究得到的已知结果即GLUT4与IR有关，接下来通过芯片实验筛选出差异表达的miRNA做靶基因预测，其中miR-93不仅显著差异表达且能够与GLUT4的3’ UTR结合。接下来为了验证生物信息学部分的靶基因预测结果，作者分别使用miR-93过表达载体来验证靶基因GLUT4的表达情况以及荧光素酶报告实验证实miR-93能够与GLUT4的3’ UTR相结合。
今天的文章分享就写到这里啦~
芯片用好了，高分文章也能发发发~
心动了吗？莫慌~
芯片和测序的区别你真的弄清楚了吗？
待小编下期和你好好说道说道在行动吧
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什么？！
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